独自ドメインで複数のサイトを作成する場合、サブドメインとサブディレクトリの２つの方法があります。
サブドメインとサブディレクトリの違いとは？
SEO的にどちらが有利なのでしょうか？
サブドメインとサブディレクトリとは？
まず、サブドメインとサブディレクトリとはどういうものでしょうか？
例えば、独自ドメインが「example.com」とします。
この場合、URLは「http://example.com/」となります。
独ドメイン下に「aaa」というフォルダ（ディレクトリ）を設けると、
URLは「http://example.com/aaa/」となります。
一方、「http://aaa.example.com/」がサブドメインです。
実際は、「/」の次にはいずれも「index.html」が省略されています。
ブログ等では、トップページの下に「カテゴリ」があり、その下のエントリー記事があります。
上の例では「aaa」がそれにあたります。
実例で見ます。
「価格.com」では次のようになっています。
「サブディレクトリ」です。
価格.com トップ： http://kakaku.com/
価格.com パソコン： http://kakaku.com/pc/
価格.com カメラ： http://kakaku.com/camera/
一方、「Yahoo!JAPAN」の例です。
「サブドメイン」です。
Yahoo!JAPAN： http://www.yahoo.co.jp/
Yahoo!オークション： http://auction.yahoo.co.jp/
Yahoo!知恵袋： http://chiebukuro.yahoo.co.jp/
元々は、「http://auction.yahoo.co.jp/」は、「http://yahoo.co.jp/auction/」という「サブディレクトリ」の構造になっています。
それをサーバー上で設定することで「サブドメイン」にすることが出来ます。
サブドメインはSEO的に有利か？
「サブドメイン」がSEO的に有利といわれることがあります。
その根拠は主に次の２点です。
１．「サブドメイン」は別ドメインとして検索エンジンに認識される。→被リンクを自作自演することが可能→検索結果で上位表示を目指せる
２．検索結果は同じドメイン下のページは２つしか表示されない。→「サブディレクトリ」は不利
３．「サブドメイン」はテーマに関する「aaa」（「http://aaa.example.com/」）が先頭に来ているので、テーマが分かりやすい。
しかしながら、現状ではGoogleのウェブマスターツールにおいては「サブドメインからの被リンク＝内部リンク」とカウントされているようですので、あえてサブドメインにすることはSEO的に有利とはいえません。
本来、サブドメインであるかサブディレクトリあるかはSEOとは別物です。
結果的に「サブドメイン」が検索エンジンに別ドメインと認識さていた為、SEO的に有利と考えられたようです。
検索エンジンは常に進化しています。
そして、その使命はユーザーにとって有益なサイトを検索結果に返すことにあります。
作為的なSEOによって、検索結果にユーザーにとって有益とはいえないサイトが表示されることが目立つと検索エンジンは対策を講じます。
それが、パンダアップデートやペンギンアップデートを代表とするアルゴリズムの変更です。
行き過ぎたSEOは逆にペナルティを受ける可能性があります。
どういうサイト構造を目指すべきか？
上記の「サブドメインとサブディレクトリとは？」で実例とした「価格.com」と「Yahoo!JAPAN」が大いに参考になると思います。
「価格.com」のテーマは「価格比較」。
そして、比較するカテゴリを「サブディレクトリ」形式にしています。
一方、「Yahoo!JAPAN」の場合、「サブドメイン」形式と「Yahoo!オークション」と
「Yahoo!知恵袋」はテーマが共通していません。しかし、「Yahoo!JAPAN」のサービスの一つです。
親ドメインとテーマが共通する場合は「サブディレクトリ」、共通しない場合は「サブドメイン」という判断ができます。但し、「サブドメイン」も親ドメインと関連がある。・・・①
そして、サイトを分ける以上それなりのボリュームがある必要があります。
即ち、「サブドメイン」下にカテゴリ（「サブディレクトリ」）が存在し、さらにそのカテゴリに複数の記事が存在するということです。・・・②
アフィリエイトサイトにありがちな「サブドメイン」がペラサイトというのは本来の「サブドメイン」の使い方としてはありえないということになるでしょう。
